在纽约那繁华而又暗藏危机的曼哈顿街头，一场神秘的突变正在悄然降临，而这场突变的主角,正是我们熟悉又喜爱的忍者神龟们。
忍者神龟，拉斐尔、米开朗基罗、多纳泰罗和莱昂纳多，这四只原本普通的乌龟，因沾染了神秘的化学物质而发生了基因突变，拥有了人类的智慧、敏捷的身手和独特的个性，他们在师父斯普林特——一只同样因突变而拥有智慧的老鼠的教导下，成为了身怀绝技的忍者战士,守护着曼哈顿的和平。
故事开始于曼哈顿的阴暗角落，一股邪恶的势力正在崛起，神秘的科学家巴克斯特·斯多克曼博士在他那阴森的实验室里进行着疯狂的实验，企图利用神秘的突变物质创造出一支强大的怪物军队，以实现他统治世界的野心，而忍者神龟们,自然成为了阻止他阴谋的关键力量。
拉斐尔，性格暴躁但勇猛无比，他手持双节棍，总是冲在战斗的最前线，当得知斯多克曼博士的阴谋后，他第一个按捺不住怒火，恨不得立刻冲进实验室将敌人打得落花流水，米开朗基罗则是团队中的开心果，他乐观开朗，手持双截棍，用幽默和活力感染着每一个人，在紧张的战斗间隙，他也不忘开个玩笑，缓解大家的压力，多纳泰罗是团队中的技术担当，他聪明睿智，擅长发明各种高科技装备，他利用自己的智慧，为队友们打造了许多实用的武器和工具，帮助他们在战斗中取得优势，莱昂纳多作为团队的领导者，冷静沉着，手持武士刀，他深知这场战斗的重要性，总是能在关键时刻做出正确的决策,带领队友们勇往直前。
忍者神龟们开始了他们的调查行动，他们穿梭于曼哈顿的大街小巷，追踪着斯多克曼博士的踪迹，在这个过程中，他们遭遇了各种危险和挑战，街头的小混混、斯多克曼博士派来的打手，甚至还有一些因突变而产生的怪物，都成为了他们前进道路上的阻碍，但忍者神龟们凭借着自己的勇气和智慧,一次次地化险为夷。
随着调查的深入，忍者神龟们终于找到了斯多克曼博士的实验室，这是一个充满了危险和神秘的地方，各种奇怪的实验设备和突变生物让人不寒而栗，一场激烈的战斗在所难免，拉斐尔率先冲了进去，与敌人展开了近身搏斗，他的双节棍挥舞得虎虎生风，打得敌人节节败退，米开朗基罗则在一旁灵活地跳跃着，用他的双截棍攻击着敌人的弱点，多纳泰罗利用自己的高科技装备，破解了实验室的防御系统，为队友们打开了前进的道路，莱昂纳多则指挥着战斗，他敏锐地观察着敌人的动向,寻找着最佳的攻击时机。
斯多克曼博士也不是省油的灯，他利用自己的发明，召唤出了一只巨大的突变怪物，这只怪物力大无穷，皮糙肉厚，忍者神龟们的攻击对它几乎没有什么效果，一时间，战斗陷入了僵局，但忍者神龟们并没有放弃，他们重新调整了战术，多纳泰罗发现了怪物的弱点，他利用自己的发明制造出了一种特殊的武器，拉斐尔和米开朗基罗吸引怪物的注意力，莱昂纳多则趁机将武器插入了怪物的弱点，怪物发出了一声怒吼,最终倒在了地上。
打败了怪物后，忍者神龟们终于找到了斯多克曼博士，斯多克曼博士不甘心失败，他企图启动实验室的自毁装置，与忍者神龟们同归于尽，在这千钧一发之际，多纳泰罗再次发挥了他的聪明才智，他成功地阻止了自毁装置的启动，莱昂纳多趁机上前，与斯多克曼博士展开了最后的对决，在激烈的战斗中，莱昂纳多凭借着自己高超的武艺，最终打败了斯多克曼博士,粉碎了他的阴谋。
曼哈顿又恢复了往日的平静，忍者神龟们成为了城市的英雄，他们用自己的行动证明了，无论面对多么强大的敌人，只要团结一心，勇往直前，就一定能够战胜困难，守护住自己所爱的城市和人民，而这场发生在曼哈顿的突变事件，也成为了他们传奇经历中的一段难忘回忆。